Esto podria ser un problemas de los puentes (jumpers).
Si tienes dos discos conectados a un sólo cable, uno debe estar configurado como MÁSTER (o como MÁSTER W/SLAVE PRESENT, si existe esa opción) y el otro como SLAVE.
Es igual si tienes un disco y un óptico (CD, DVD, etc.) en el mismo cable.
La PC (salvo que configures alguna excepción en la Bios) intentará arrancar primero del disco MASTER enchufado al conector IDE 0 de la placa madre.
Esto es independiente del sistema operativo y del procesador que tengas.
